香港e特快邮件超出限值的处理方式为：应办理退运手续或者按照货物规定办理通关手续。但需注意，如果邮包内仅有一件物品且不可分割，虽然超出规定限值，但经海关审核确属个人自用的，可以按照个人物品规定办理通关手续12。
具体来说，个人邮寄进境物品每次限值为：
- 寄自或寄往港、澳、台地区的物品，每次限值为800元人民币12；
- 寄自或寄往其它国家和地区的物品，每次限值为1000元人民币12。
此外，虽然香港e特快在之前可能允许包裹控制在一定重量范围内（如3.5KG左右，不超5KG，单件最大限重为7千克，内件为不可分割的限重为10千克等），但现已全面限制重量为3KG及以上的包裹，超出此重量的包裹将被自动拦截退回3。
因此，在使用香港e特快邮寄物品时，务必注意邮件的重量和限值要求，以避免不必要的麻烦和损失。